Skuteczność leczenia antybiotykami jest obecnie znacznie ograniczona powszechnie występującym zjawiskiem oporności bakterii chorobotwórczych na te chemioterapeutyki. Szczególnie ważnym problemem jest oporność na antybiotyki w zakażeniach szpitalnych, zwłaszcza gronkowcami (Stapyloccocus auieus) i niektórymi bakteriami Gram-ujemnymi, np. Escherichia coli, Pioteus yulgaris, Pseudomonas aeiuginosa. Oporność bakterii na antybiotyki dzieli się na: chromosomalną i pozachromosomalną. Oporność chromosomalną zależy od genów oporności znajdujących się w chromosomie bakterii. Powstaje ona wskutek selekcji bakterii opornych wśród populacji charakteryzujących się różną wrażliwością na dany antybiotyk oraz powstawania opornych mutantów. Oporność pozachromosomalna zależy od plazmidów obecnych w cytoplazmie. Stanowią one elementy genetyczne (czynnik R) ulegające autonomicznej replikacji. Pod względem chemicznym jest to kompleks DNA i białka. Oporność ta przekazywana jest drogą transd.uk-cji i koniugacji. Transdukcja polega na przekazywaniu plazmidów z komórki donora na komórkę akceptora przez bakteriofagi. Jest to więc proces swoisty gatunkowo. Koniugacja natomiast polega na przekazywaniu plazmidów w czasie bezpośredniego połączenia dwóch komórek, występuje ona przede wszystkim u bakterii Gram-ujemnych.