Zmiana koloru ziarna – wygląd ziarna zależy w dużej mierze od klimatu, położenia plantacji, gleby, nasłonecznienia oraz opadów. Duże różnice w wyglądzie w obrębie jednego gatunku wykazują ziarna brazylijskiej odmiany Santos, Parana, Rio Victoria, Bahia i Zona de Mata, dlatego też ważne jest nadawanie nazw handlowych oprócz nazw odmian.

Ziarno białe – jest to ziarno bardzo lekkie (unosi się na powierzchni wody) o bardzo jasnym kolorze. Przyczyny to: złe warunki przechowywania oraz zbyt długi okres przechowywania. W ziarnach kawy monsunowej taki kolor nie jest uważany za defekt.

Ziarno czarne – powierzchnia ziarna jest pomarszczona a grzbiet zapadnięty. Kolor przechodzi od brązu do czerni. Przyczyny to: zła jakość wody deszczowej podczas wzrostu wiśni, przedłużona fermentacja, nadmiar żelaza w glebie, ponowne zawilgocenie bądź złe suszenie .

Ziarno gąbczaste – ziarno jest miękkie podobne do konsystencji korka. Kolor takiego ziarna to: białawy, kremowy, bursztynowy. Przyczyny to: błędy w nawożeniu i uprawie.

Ziarno kwaśne -ziarno kwaśne o barwie kremowej przechodzącej w ciemnobrunatny. Błona srebrzysta może być czerwono-brązowa, bruzdka jest bez włókna. Przyczyny to: nadmierna fermentacja, zanieczyszczona woda, działanie zbyt wysokiej temperatury, przechowywanie ziarna w wilgotnym miejscu.

Ziarno mozaikowe – ziarno ma ciemne i jasne plamki lub białe żyłki. takie uszkodzeni mają ziarna z Gwinei lub Kamerunu.Przyczyny to: ponowne zawilgocenie po wysuszeniu.

Ziarno niedojrzałe – ziarno o powierzchni zielonej lub jasnoszarej, jest małych rozmiarów i ma nieodchodzącą skórkę. Przyczyny to: zbiór jeszcze niedojrzałych ziaren, złe stosowanie nawozów chemicznych, zaraza w czasie suszy.

Ziarno plamiste – ziarno w zielonkawe, białawe, żółtawe plamki. Przyczyny to: zbyt długie suszenie.

Ziarno pokruszone – powstaje podczas usuwania miazgi. Przyczyny to: niedostosowanie maszyny usuwającej miąższ do rozmiaru ziarna.

Ziarno pomarszczone – ziarno pofałdowane z nierówną powierzchnią. Przyczyny to: susza, złe nawożenie i błędy w uprawie.